Преподобномученица Рафаила родилась в 1887 году в деревне Вилятово Новогрудского уезда Минской губернии в семье крестьянина Архипа Вишнякова и в крещении была названа Мариной. Когда ей исполнилось девятнадцать лет, она поступила в женский монастырь в Гродненской губернии. Во время Первой мировой войны монастырь был эвакуирован в глубь России, и Марина поселилась в Спасо-Влахернском монастыре Московской губернии. Неизвестно, когда она приняла монашеский постриг, но уже во времена гонений при советской власти она была пострижена в схиму с именем Рафаила. Определенного места жительства она не имела, живя у верующих и у монахинь.
21 января 1938 года схимонахиня Рафаила была арестована вместе с большой группой монахов Троице-Сергиевой Лавры и верующих и заключена в Бутырскую тюрьму в Москве. В тот же день следователь допросил схимонахиню. Первое, что интересовало следователя, – где и на какие средства она живет. Схимонахиня Рафаила ответила, что определенного места жительства не имеет и живет на пожертвования. Следователь потребовал рассказать, у кого она останавливалась, живя в Москве, – схимонахиня ответила, что на этот вопрос отвечать не будет.
При аресте сотрудники НКВД сфотографировали ее в схимническом облачении, которое они сочли достаточной уликой ее преступной деятельности, и следователь не стал у нее допытываться, признает ли она себя виновной.
Вызванные для допроса дежурные свидетели показали, что схимонахиня Рафаила враждебно настроена против советской власти, что она все время посещает святые места и проводит большую антисоветскую работу, что схимонахиня говорила, что это Бог, наказывая за грехи народа, послал ему безбожную власть, но Он смилуется – будет война, огнем очистится эта власть антихристова; свидетели показали также, что схимонахиня занимается предсказаниями, доказывая неизбежную гибель советской власти. Схимонахиня Рафаила «проживает нелегально без паспорта, ходит по московским церквям... распространяет... слухи... о якобы существующем в СССР гонении на религию, духовенство, монахов, верующих. Так, она в церкви Знамения у Крестовской Заставы говорила, что советская власть – это власть антихриста, устраивает гонение на религию, ломает святыни, а духовенство и монахов невинно арестовывает и высылает в отдаленные места России, где их подвергают пыткам». Во время голосования в Верховный Совет она своим почитателям говорила: «Не ходите голосовать за антихристов, которые только и знают разрушать православную веру».
14 февраля 1938 года тройка НКВД приговорила схимонахиню Рафаилу к расстрелу. Схимонахиня Рафаила (Вишнякова) была расстреляна 17 февраля 1938 года и погребена в безвестной общей могиле на полигоне Бутово под Москвой.
