Преподобномученица Рафаила родилась в 1887 году в деревне Вилятово Новогрудского уезда Минской губернии в семье крестьянина Архипа Вишнякова и в крещении была названа Мариной. Когда ей исполнилось девятнадцать лет, она поступила в женский монастырь в Гродненской губернии. Во время Первой мировой войны монастырь был эвакуирован в глубь России, и Марина поселилась в Спасо-Влахернском монастыре Московской губернии. Неизвестно, когда она приняла монашеский постриг, но уже во времена гонений при советской власти она была пострижена в схиму с именем Рафаила.