Смутное время – междоусобия и междуцарствия – Махрищский монастырь был разорен, разграблен и почти дотла сожжен польскими интервентами. В 1613 году все Залесье представляло собой пустыню. Дозорщику Ивану Воейкову, посланному в 1614 году по повелению царя Михаила Федоровича описывать села и станы смежных с Великой (Александровской) слободой земель, предстала страшная картина: разоренные сожженные села – Зеленцино, Неглово, Юрцово – с заброшенными избами и неубранными трупами. ("А ныне все пусто: села и деревни запустели от литовских людей".) Десятки монастырей навсегда исчезли с лица земли. В Махрищской обители уцелели лишь остовы каменных стен церквей. В народе долго сохранялся рассказ о том, как злодейские руки, дерзнувшие прикоснуться к гробнице преподобного Стефана, были попалены огнем, и как враги Церкви Божией, устрашенные этим чудом, разбежались, оставив святую обитель.

На разоренный монастырь обратили внимание Троицкие старцы. Братия с архимандритом Дионисием били челом царю и государю Михаилу Федоровичу и просили разрешить переписать обитель и земли на их имя. В августе 15 дня 1615 года (на Успение Пресвятой Богородицы) архимандрит Дионисий и келарь Авраамий были пожалованы государевой грамотой, согласно которой обитель преподобного Стефана была приписана к Троице-Сергиевому монастырю. Старцы "сыскали" утраченные жалованные грамоты на села и деревни монастыря, а дозорщики, посланные царем, произвели опись и межевание земель.

Лаврский архимандрит Дионисий Зобниновский и келарь Авраамий Палицын вошли в историю как истинные патриоты, много сил приложившие к освобождению Москвы от польских захватчиков и умиротворению России в период Смуты. Незаурядные политические деятели и ученые книжники – оба они в разные годы подверглись опале и мужественно претерпели клевету и гонения, вернувшись впоследствии оправданными в Троице-Сергиеву Лавру. В октябре 1612 года архимандрит и келарь вместе с народным ополчением, возглавляемым князем Дмитрием Михайловичем Пожарским и земским старостой Кузьмой Мининым, вступили в ворота Московского Кремля. Их стараниями, а затем и усердием других наместников Троице-Сергиевой Лавры начала возрождаться разоренная обитель преподобного Стефана. Потерявшая свою самостоятельность с этого времени она подчинялась управлению "учрежденного собора", т.е. архимандритов Троице-Сергиевой Лавры. Именно они определяли в Махрищский монастырь строителей – руководителей братии.

Не забывали о древней обители русские государи, присылая сюда деньги и дары. Во вкладной книге  монастыря есть записи о вкладах на поминовение рода царей Бориса Годунова и Алексея Михайловича, тщанием которого были устроены резные решетки у гробниц чудотворцев Махрищских Стефана и святителя Варлаама, украшены храмовые иконы. Есть в книге и запись о том, что в том же 1670 году января 12-го дня государь Алексей Михайлович прислал пять рублей на молебен и "братии на милостыню, да пять осетров, пять белуг, да два пуда зернистой икры". Нередко встречается во вкладной книге  и имя императрицы Анны Иоанновны.