Свято-Успенский Кирилло-Белозерский монастырь был основан в 1397 старцем Московского Симонова монастыря преподобным Кириллом. В поисках строгой подвижнической жизни преподобный Кирилл вместе со своим сподвижником, иноком того же Симонова монастыря Ферапонтом, покидает благоустроенную московскую обитель и удаляется в лесную пустыню на берег Сиверского озера ради поиска духовного восхождения. Место будущих подвигов было открыто старцу в видении Пресвятой Богородицей. Здесь монахи водрузили крест, пропели благодарственную молитву приведшей их сюда Матери Божией и начали копать земляную келью. Так было положено начало Кирилло-Белозерской обители, ставшей впоследствии одним из крупнейших русских монастырей.

В годы расцвета это был богатейший город-крепость, владевший крупными земельными наделами, соляными и рыбными промыслами; в его стенах находилась одна из наиболее значительных на Руси библиотек, складывались свои распевы духовных песнопений, работали талантливые иконописцы, резчики и другие мастера. Монастырь имел свое подворье в Московском кремле, а также в ряде других русских городов. Он не раз помогал государству денежными средствами и имуществом.       

С историей монастыря связаны имена Василия Темного и Иоанна Грозного, многих именитых бояр и князей. Был он известен и как место ссылки опальных представителей русской знати. Здесь провел в заточении последние пять лет своей жизни патриарх Никон.

После того как в 1612 году монастырь выдержал осаду поляков и литовцев, было осознано его важное стратегическое значение. Тогда же были возведены крепостные стены и башни, и доныне поражающие своими размерами. Промыслительно Кирилло-Белозерский монастырь тесно связан со многими русскими обителями, органично вплетен в общерусскую монашескую жизнь. Выходцами из него были Савватий Соловецкий, Нил Сорский, Корнилий Комельский и многие другие, ставшие светильниками русского монашества, но самой глубокой была и остается связь Кириллова монастыря с прп. Сергием Радонежским. Московский Симонов монастырь, выходцем которого являлся прп. Кирилл, был основан племянником прп. Сергия Радонежского свт. Феодором. Сюда пришел новоначальный инок Кирилл, постриженный в рясофор преподобным Стефаном Махрищским.  Преподобный Сергий, бывая в этой обители, подолгу беседовал с полюбившимся ему иноком Кириллом, обнаруживая тем самым глубокое духовное родство с ним. Впоследствии прп. Кирилл, полагая начало своему монастырю, несомненно, опирался на заветы Радонежского чудотворца, на его молитвенное заступничество. 

В 1924 году монастырь был закрыт и на его территории был создан историко-архитектурный музей-заповедник.          

29 декабря 1998 года Церкви была передана часть монастырского комплекса под названием Малый Горний Иоанновский монастырь.