Находился в Вологодской губернии, в 7 верстах от города Кадникова при реке Пельшеме.

Основатель обители преподобный Григорий происходил из знатного рода галичских бояр Лопотовых. Желая основать монастырь, он после долгих странствований по лесам и пустынным местам пришёл в 1426 году на берега реки Пельшемы и здесь избрал себе место для будущей обители. Устроив небольшую хижину, он проводил здесь подвижническую жизнь. Скоро к Григорию пришёл иерей по имени Алексий и, приняв постриг, поселился с ним. Постепенно здесь образовалась монашеская община, и преподобный Григорий с благословения ростовского архиепископа Ефрема основал обитель.

В 1764 году монастырь был оставлен за штатом. Управлялся архимандритами.

В монастыре было два храма: церковь Собора Пресвятой Богородицы с приделом в честь Усекновения главы Иоанна Предтечи и храм в честь преподобного Григория Пельшемского.

В обители под спудом находились мощи преподобного Григория с устроенной над ними ракой. При мощах хранились железные вериги, железная полумантия и железная кольчатая рубашка, принадлежавшие преподобному Григорию.

В 1832-1833 гг. настоятелем монастыря был иеромонах Игнатий (Брянчанинов), будущий епископ Кавказский и Черноморский. Благодаря его усилиям за очень короткий срок Пельшемский Лопотов монастырь преобразился в цветущую благоустроенную обитель.

В настоящее время монастырь недействующий.