В конце XVIII – начале XIX века тщанием Высокопреосвященнейшего - Платона (Левшина), митрополита Московского, монастырь был обнесен каменной оградой с башнями. Попечением владыки монастырь благоукрашается, постепенно складывается его архитектурный комплекс.

Новый каменный храм, устроенный над северными вратами обители был освящен во имя святых апостолов Петра и Павла. Выбор был сделан неслучайно: небесным покровителем митрополита Платона, в крещении Петра, был первоверховный апостол.

С архитектурной точки зрения церковь представляла собой двухэтажное здание с одним выступающим алтарным полукружием, завершавшееся колоколообразной кровлей с барабаном и главой на нем. Первый этаж отводился под хозяйственные нужды, на втором – находился сам храм. Внутреннее убранство церкви окончательно складывается к середине XIX века.

В 1850 году попечением строителя иеромонаха Георгия установлен резной позолоченный иконостас, два ряда икон которого, местный и праздничный, были выполнены в греческом стиле, расписаны алтарь и стены храма.

В этом же году церковь, по благословению Преосвященного Филарета, митрополита Московского и Коломенского, была освящена настоятелем обители строителем иеромонахом Георгием.

В сентябре 1895 года при строителе иеромонахе Гаврииле начат ремонт Петропавловского храма. Вместо прежних деревянных накатов пола и потолка были сделаны своды из кирпича, настелен паркетный пол.

В 1896 году у северных монастырских ворот выстроен двухэтажный дом, примыкавший к Петропавловской церкви. В 1906 году здесь находились братские келии.

В этом здании в 1993 году разместились первые насельницы, возрождавшегося Свято-Троицкого монастыря. Петропавловская церковь стала первым действующим храмом в обители.