Архитектурный ансамбль монастыря в конце XIX века завершило возведение величественной трехъярусной колокольни.

В 1847 году строитель иеромонах Георгий обратился в учрежденный собор Троице-Сергиевой Лавры с просьбой о сооружении напротив Стефановской церкви новой отдельно стоящей колокольни, во втором ярусе которой строитель хотел устроить храм в честь иконы Божией Матери "Живоносносный Источник". Древняя колокольня храма преподобного Стефана к этому времени пришла в ветхость, но собор в лице архимандрита Антония (Медведева) ответил на прошение отказом, признав ее состояние удовлетворительным, а предлагаемый проект постройки «не сообразным к старой архитектуре церковной».  

В этом же году была разобрана обветшавшая западная паперть Троицкого собора. На ее месте была выстроена каменная двухэтажная со сводами палатка.

В 1887 году трудами игумена Амфилохия по проекту архитектора Александра Петровича Белоярцева при Троицком соборе было начато сооружение новой трехъярусной колокольни. Пристроенная на самостоятельном фундаменте с запада от двухэтажной палатки собора, стройная колокольня с куполом и барабаном с главкой и крестом стала основной доминантой в ансамбле зданий монастыря. Три яруса колокольни, фланкированные по четырем углам пилястрами, разделялись между собой профилированными карнизами и рядом декоративных кокошников. Верхний открытый ярус звона с арочными проемами был обрамлен архивольтами и огражден металлическими коваными решетками. Средний ярус колокольни был остеклен. По свидетельству епархиального архитектора инженера Владимирского губернского управления Н.Корицкого «колокольня прочна и материал употреблен хороший» и «несмотря на значительную высоту, в третьем слуху выдержит колокол до 800 пудов». В 1891 году в Москве, на заводе Самгина, был отлит колокол для новой колокольни весом 704 пуда.

Сохранился именной реестр благотворителей, на средства которых была совершена эта грандиозная постройка, завершившаяся в июне 1890 года. Среди них известные купцы Ф.О.Елагин, А.А.Соловьев, А.И.Осипова, крестьяне, служащие фабрики товарищества мануфактур Барановых.    

Тщанием игумена Амфилохия и частично на его личные средства паперть под новой колокольней украшается изображениями Евангельских событий. Росписи были выполнены александровским живописцем Федором Дмитриевичем Лавровским.

В 1942 г. Троицкий собор, колокольня и храм преподобного Стефана были взорваны, щебень от построек использовался на строительство военного аэродрома в деревне Слободка Киржачского района. В настоящее время Троицкий собор и колокольня не восстановлены.