2002 году при монастыре был организован детский приют для девочек. В нем тридцать воспитанниц. Здесь, окруженные любовью и заботой сестер монастыря, девочки, наконец, обрели семью. Для детей построен отдельный корпус в стенах монастыря с удобными комнатами, классом для занятий, уютной трапезной, лазаретом, большой игровой, где размещается живой уголок. Большинство детей получают не только   общее образование, но так же занимаются в музыкальной школе. Все девочки поют в хоре. Сестры монастыря много занимаются с детьми. Молитва, труд, уроки музыки, рисования, экскурсии, поездки по святым местам - все это развивает детей, формирует их духовно-нравственный облик.

В  2003 году обитель торжественно отметила свое 650-летие. Праздничное всенощное бдение возглавили Высокопреосвященнейший Евлогий, архиепископ Владимирский и Суздальский и Высокопреосвященнейший Валентин, архиепископ Оренбургский и Бузулукский. В сопровождении малого крестного хода священство, сестры и многочисленные паломники вышли из храма для совершения литии перед алтарем бывшего Троицкого собора. Над прежним алтарем под открытым небом был воздвигнут теперь алтарь временный, обрамленный живыми цветами для предстоящей Литургии. Торжественное утреннее богослужение началось крестным ходом, двинувшемся навстречу другому, вышедшему из г. Карабаново. Молебен у врат Сергиевского храма перед украшенной цветами иконой преподобного Стефана  - ежегодная традиция этого дня. Икона – та самая, которая изначально была святыней обители до ее закрытия и которая чудно вернулась в нее в 1995 году. В служении Божественной Литургии наряду с многочисленным духовенством участвовали наместник Троице-Сергиевой Лавры, Его Преосвященство епископ Сергиево-Посадский Феогност и лаврские иеромонахи.

17 августа 2004 года по благословению Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II и решением Священного Синода монастырь приобрел статус ставропигиального. С этих дней обитель находится под постоянным попечительством и заботой Первосвятителя Русской Православной Церкви. 30 июля 2005 года Святейший Патриарх посетил Махрищскую обитель. С радостью и любовью готовились сестры к встрече дорогого Гостя, и незабываемые впечатления тех благодатных дней остались навсегда в сердцах сестер. Как написали сестры в ответном благодарственном письме Его Святейшеству: «Благодатный покров Вашего присутствия так и стоит теплым облаком над обителью. Просветлели лица сестер, вдохновилась на дальнейшие труды молодежь. Ожило и забилось сильнее прежнего сердце монастыря, все и все обновились. Рядом с Вами чувствуешь неизъяснимое умиротворение, тишину молитвенную, в которой человек воистину может слышать Бога. Возможность молиться с Вами за Божественной литургией сподобила нас небесной блаженной радости. Ваше присутствие – величайшее утешение всем нам и ответ на вопрос для тех, кто сомневается в возможности высокой духовности  в теперешнее «смутное» время».

Основа, стержень всего уклада монастырской жизни – конечно же богослужения. Монастырский день начинается с молитвы. Ежедневно совершается полный круг богослужений, начиная с полунощницы, затем часы, Божественная литургия или обедница; вечером - вечерня, повечерие и утреня.

Особенно торжественны, умилительны, красивы всенощные под праздники. Праздничные службы неторопливы, строго следуют уставу, канонаршатся стихиры, хор поет на два клироса. У многих сестер музыкальное образование, церковному пению в монастыре уделяют большое значение.

Духовной поддержкой и укреплением для обители является тесная, сложившаяся на протяжении веков, связь с Троице-Сергиевой Лаврой, с преподобным Сергием. Большую радость для сестер и богомольцев приносят богослужения, возглавляемые наместником  Лавры – архиепископом Феогностом.

Повседневная жизнь монастыря проходит в молитвах и трудах. В надвратном храме святых первоверховных апостолов Петра и Павла читается Псалтирь. Большое хозяйство, мастерские, трапезная, благоустройство территории – все требует постоянной заботы, неустанного попечения. В монастыре есть швейная   мастерская, где изготавливается практически все, что требуется для богослужения: облачения, воздухи, покровцы, аналойники. Сестры пекут просфоры, трудятся в иконописной и художественной мастерских. В монастыре есть подсобное хозяйство с большим огородом, картофельными полями, теплицами, птичником, коровником, сенокосными лугами… Насельницы много читают. Сейчас в монастырской библиотеке около трех тысяч книг.

В настоящее время в монастыре проживает около 80 сестер во главе с  игуменией Елисаветой. Игумения Елисавета положила начало своей монашеской жизни в Пюхтицком монастыре, с его живой, непрерывавшейся традицией. Этот многолетний опыт помогает матушке в ведении большого хозяйства и духовном окормлении сестер.

Летом 2010 года произошло поистине эпохальное событие для монастыря: Святейший Патриарх Кирилл совершил освящение главного - Троицкого престола обители. В течение почти 70 лет Свято-Троицкий монастырь не имел главного престола: храм Живоначальной Троицы в 1942 году взорвали, возвести его на историческом месте не было возможности. По благословению Святейшего Патриарха Кирилла восстановленный приходской храм преподобного Сергия, находившийся у восточных врат обители, решено было переосвятить во имя Святой Живоначальной Троицы.

Этого события ждали долго. Нестерпимая жара и задымленность (из-за горящих торфяников) вынуждали откладывать приезд Его Святейшества. Наконец, утром 15 августа 2010 года закончились последние приготовления к освящению храма. Чин освящения начался встречей Святейшего Патриарха Кирилла. Его Святейшество сам возглавил крестный ход вокруг храма, нес ковчег с мощами. После чина освящения Предстоятелем была совершена Божественная Литургия.

Святейший Патриарх Кирилл неоднократно посещал обитель преподобного Стефана. Его приезды – всегда большое духовное торжество и незабываемая радость для сестер и прихожан монастыря.Первый визит Святейшего Патриарха в Стефано-Махрищский монастырь состоялся в понедельник Светлой седмицы 20 апреля 2009 года. Решение посетить Махрищскую обитель Святейший Патриарх принял внезапно - по окончании вечернего богослужения в Свято-Троицкой Сергиевой Лавре. Неожиданный визит Предстоятеля умножил общую пасхальную радость сестер и прихожан обители. Святейший Патриарх с большим вниманием осмотрел монастырь, побывал на богослужении, вникая в богослужебный устав обители, посетил детский приют, разговаривал с сестрами, обсуждал нужды и насущные проблемы монастыря. В приветственном слове, произнесенном в обители, Патриарх отметил важность общей культуры наравне с молитвенной крепостью в современном монастыре. Он выразил большое удовлетворение от всего увиденного и сказал, что хотел бы приезжать сюда ежегодно. Матушка Игумения и сестры всегда с огромной радостью ожидают приезда Святейшего Патриарха как Отца, способного вдохнуть новые силы в души сестер, своим примером вдохновить на подвижническое служение Богу и Церкви.

3 сентября 2010 г. по благословению Святейшего Патриарха в храм Живоначальной Троицы были перенесены мощи святителя Варлаама, епископа Суздальского и Тарусского, прежде почивавшие в храме преподобного Стефана Махрищского.

21 июня 2012 года правый придел храма Живоначальной Троицы был освящен во имя преподобного Сергия Радонежского. Престол освящен в честь этого угодника Божия в память о том, что в XIX столетии храм, ныне Троицкий, первоначально был Сергиевским. Торжественное освящение и Божественную литургию по благословению Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Кирилла возглавил Высокопреосвященнейший Феогност, архиепископ Сергиево-Посадский.