Преподобная Матрона родилась в городе Пергии Памфилийской (Малая Азия) в V веке. Ее выдали замуж за состоятельного человека по имени Дометиан. Когда у супругов родилась дочь Феодотия, они переселились в Константинополь. Двадцатипятилетняя Матрона любила ходить в храм Божий. Целые дни проводила она там, горячо молясь Господу и плача о своих грехах.

В храме святая познакомилась с двумя благочестивыми старицами Евгенией и Сусанной, которые с юности подвизались при нём в трудах и молитве. Преподобная Матрона стала подражать богоугодной жизни подвижниц, смиряя свою плоть воздержанием и постом, за что ей приходилось претерпевать нападки со стороны мужа. Душа её стремилась к полному отречению от мира. После долгих колебаний святая Матрона решила оставить семью и просила Господа открыть, угодно ли Ему её намерение. Господь услышал молитвы рабы Своей. Однажды в тонком сне ей было видение, что она убегает от догонявшего её мужа. Святая спряталась в толпе иноков, шедших навстречу, и муж её не заметил. Этот сон преподобная приняла как Божие указание поступить в мужской монастырь, где муж не догадается её искать. Свою дочь она отдала на воспитание старице Сусанне, а сама остригла волосы и, переодевшись в мужское платье, пришла в монастырь преподобного Вассиана (память 10 октября). Там Матрона назвала себя евнухом Вавилой и была принята в число братии. Опасаясь, как бы иноки не узнали, что она женщина, святая пребывала в постоянном молчании и многих трудах. Братия удивлялась великим добродетелям Вавилы. Однажды святая с другими монахами трудилась в монастырском винограднике. Новоначальный инок Варнава заметил, что у неё проколоты мочки ушей и спросил об этом. "Надо, брат, землю возделывать, а не на чужие лица смотреть, это не подобает иноку", - ответила святая.

Через некоторое время игумену монастыря, преподобному Вассиану, было во сне откровение, что евнух Вавила - женщина. Такое же откровение было и блаженному Акакию, игумену соседнего Авраамиева монастыря. Преподобный Вассиан призвал Матрону и сурово потребовал ответа, с какой целью она проникла в монастырь, не для совращения ли иноков и позора обители. Преподобная со слезами рассказала игумену всю свою прошлую жизнь, поведала о преследованиях мужа, ненавидевшего её подвиги и молитвы, о видении, указавшем ей идти в мужской монастырь. Убедившись в том, что намерения её были чисты и непорочны, и благословив её, преподобный Вассиан направил святую в город Емес в женский монастырь. В той обители Матрона пробыла многие годы, поражая сестёр высотой своего иноческого подвига. Когда умерла игумения, по единодушному желанию инокинь, настоятельницей обители стала преподобная Матрона.

Слава о её добродетелях, о чудесном даре исцелений, который она стяжала от Господа, распространилась далеко за стенами монастыря. Услышал о подвигах преподобной и Дометиан. Когда святая Матрона узнала, что её муж пришел к монастырю и хочет её видеть, она тайно ушла в Иерусалим, затем на гору Синай, оттуда в Берит, где поселилась в заброшенном языческом храме. Местные жители, узнав о её затворе, стали приходить к ней. Многих святая подвижница отвратила от языческого нечестия и обратила ко Христу. Возле жилища преподобной стали селиться женщины и девицы, и вскоре возник новый монастырь. Исполняя волю Божию, открытую ей в видении, святая покинула Берит и отправилась в Константинополь, где узнала, что муж её умер. По благословению своего духовного отца, преподобного Вассиана, подвижница основала в Константинополе женский монастырь, куда переехали и сёстры из основанной ею Беритской обители. Константинопольский монастырь преподобной Матроны был известен строгостью иноческого устава и добродетельной жизнью сестёр.

В глубокой старости святая Матрона удостоилась видения пресветлого рая и уготованного ей там места за 75-летний иноческий подвиг. В возрасте ста лет преподобная Матрона, благословив сестёр, тихо отошла ко Господу (около 492 года).