Небольшой надвратный храм в честь святых апостолов был возведен в обители прп. Стефана в 1806 году митрополитом Платоном Левшиным, носившим в крещении имя святого апостола Петра. Позже к храму был пристроен келейный корпус, где до революции размещалась братские кельи. После закрытия обители храмы использовались как складские помещения, а в 90-е гг. в Петропавловском храме находился спортзал мурманского пионерского лагеря. 

С восстановления этого небольшого храма над северными вратами началось духовное возрождение обители. В 1993 году он был переосвящен, здесь начались первые богослужения, совершавшиеся неопустительно по полному чину. В корпусе, примыкающем к храму, поселились первые сестры во главе с нынешней настоятельницей обители Игуменией Елисаветой.

В день святых апостолов в обители были совершены две Литургии: ранняя – в Петропавловском храме, по завершении которой был отслужен водосвятный молебен, поздняя – в храме прп. Стефана Махрищского, завершил которую торжественный крестный ход.