При жизни освятил своими стопами обитель Махрищскую Игумен земли Русской преподобный Сергий. Терпя скорби от братии своего монастыря, Сергий, по совершении вечернего богослужения, тайно покинул свою обитель и пришел в Троицкий Махрищский монастырь к своему духовному другу -  игумену Стефану. Встретившись, оба угодника Божия земно друг другу поклонились, и никто первым не решался благословить другого – так явил Господь великое смирение двух подвижников. Несколько дней проводит в Махрищской обители Радонежский игумен, утешаясь духовной беседой с преподобным Стефаном. Покинув монастырь в сопровождении Махрищского инока Симона, преподобный Сергий идет на реку Киржач, где основывает Благовещенскую обитель.

В 1702 году на месте встречи преподобных друзей стараниями митрополита Московского Платона (Левшина) был выстроен надвратный храм во имя преподобного Сергия Радонежского. Эта небольшая церковь, бывшая в советское время клубом санатория, находившегося на территории монастыря, была передана обители в аварийном состоянии. Трудами сестер и благотворителей в 1998 году храм был возрожден.

Второй престол в честь преподобного Сергия был освящен 21 июня 2012 года в правом приделе храма Живоначальной Троицы. Нынешний монастырский Троицкий храм, построенный в середине XIX столетия как приходская церковь, первоначально был освящен во имя преподобного Сергия Радонежского. В 2006 году храм был передан в ведение Свято-Троицкого Стефано-Махрищского ставропигиального монастыря.

К 2010 году церковь была восстановлена, главный престол, по благословению Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Кирилла, освящен во имя Святой Живоначальной Троицы, правый придел освящен во имя преподобного Сергия, дабы почтить память угодника Божия, являвшегося небесным покровителем храма на протяжении двух предшествовавших столетий.

В день праздника Божественная литургия была совершена в Троицком храме, завершил ее торжественный крестный ход. В богослужении принял участие гость обители, приехавший с Дальнего Востока - протоиерей Валерий Сырцов, секретарь Благовещенской епархии. По окончании богослужения игумения Елизавета поздравила с днем тезоименитства клирика обители - иерея Сергия Лабутина. Присоединились к поздравлениям духовенство, сестры и прихожане монастыря. По завершении праздничной трапезы было возглашено многолетие благочинной обители монахине Сергии и другим именинникам.